9 ноября МАГАТЭ опубликовала доклада, реакция на который была весьма противоречивой. США и Евросоюз придерживаются мнения, что доклад подтверждает наличие военной составляющей иранской ядерной программы и создает предпосылки для ужесточения санкций в отношении Тегерана. Россия и Китай высказались против подобной трактовки. Согласно некоторым СМИ, в Израиле доклад МАГАТЭ вызвал даже воинственные настроения.

Возможные последствия доклада МАГАТЭ обсуждались в ходе видеомоста Москва - Тель-Авив, который был посвящен отношению Израиля к иранской ядерной программе.

По мнению бригадного генерала в отставке, бывшего советника министра обороны Израиля, военного эксперта Шалома Арари, доклад МАГАТЭ подтверждает то, о чем Израиль говорил уже в течение нескольких лет. Арари считает, что Иран секретно создает атомную бомбу и развивает ядерные системы, а также разрабатывает возможности их запуска. По его словам, дальность этих систем превосходит расстояние от Ирана до Израиля, соответственно они могу доставляться и в Европу. Исходя из этого, сказал Арари, лучший способ воздействия на Иран в данный момент заключается в введении жестких экономических и дипломатических санкций.

Директор Центра изучения современного Ирана Раджаб Сафаров, отвечая на комментарий Арари, поддержал позицию главы российского МИД Сергея Лаврова, сказав, что доклад МАГАТЭ лишь подтверждает факты, уже известные мировому сообществу. По мнению Сафарова, МАГАТЭ уже давно стал «инструментом политической манипуляции в руках западных государств во главе с Соединенными Штатами», а доклад был составлен «под диктовку американских спецслужб» для воздействия на мировое общественное мнение, обеспечения поддержки антииранской резолюции в Совете Безопасности ООН и развития оппозиционных настроений в самом Иране.

Эксперт сектора Ирана Института востоковедения РАН Владимир Сажин предположил, что если МАГАТЭ сможет представить доказательства по каждому пункту доклада, то позиция России и Китая может быть изменена. Признавая наличие военной составляющей в иранской ядерной программе, Сажин считает, что развитие ядерной инфраструктуры там вскоре может достигнуть того уровня, что и в Германии, Японии, Бразилии, Аргентине и Нидерландах. Сажин высказал сомнение в том, что подобная ситуация представляет особую опасность с военной точки зрения, так как военный потенциал Ирана не позволит ему соревноваться с США, НАТО или Россией. Опасность развития ядерных программ в Иране заключается в том, что это может привести к перестановке сил в регионе Персидского залива и стимулировать развитие ядерных программ в Египте, Саудовской Аравии и других арабских странах, где, при невозможности обеспечить полноценный контроль, ядерные арсеналы могут попасть в руки террористических организаций.

Директор Центра общественно-политических исследований Владимир Евсеев, в отличие от Сафарова и Сажина, считает, что последний доклад МАГАТЭ отличается от предыдущих, так как он сделал публичной и доступной мировому сообществу ту информацию, которая ранее распространялась конфиденциально среди государственного руководства. Евсеев обратил внимание на то, что сведения, приведенные в докладе, касаются главным образом 2003-2004 годов, что заставляет сомневаться в их актуальности для сегодняшнего дня. Кроме того, Евсеев подчеркнул, что при настоящем уровне технического потенциала Иран не представляет для Израиля ни ядерной, ни ракетной угрозы.

В ответ на комментарии российских экспертов Шалом Арари сказал, что еврейский народ в силу своего исторического опыта склонен воспринимать всерьез угрозы иранского руководства. По его словам, Иран работает в двух направлениях: во-первых, развитие военной ядерной программы, а во-вторых, война против Израиля на истощение с помощью поддержки экстремизма. Этот экстремизм также представляет опасность и для России, в частности, в кавказском регионе. Российское руководство осознает эту проблему и ограничивает свою помощь Ирану в ядерной сфере, например, отказавшись от поставок оборонительного оружия С-300 или приостановив строительство второго блока ядерной станции в Бушере. Арари подчеркнул, что главная опасность заключается в соединении реальной атомной бомбы с идеологической бомбой исламского экстремизма, развивающегося в мусульманских странах Ближнего и Среднего Востока, например, в Пакистане, Тунисе, Ливии и Египте.